Crontab

Crontab -e (para entrar no modo de edição do Cron)

Digitar nas linhas finais
00    01,12,21    *   *   *   /caminho/script.sh

Onde:
00       - Minuto
01,12,21 - Horas (no caso 01,12 e 21horas)
*       - Dia do Mês (no caso todos os dias)   
*       - Mês (no caso todos os meses)
*       - Dia da semana (no caso todos os dias)
/caminho/script.sh    - Script a ser executado automaticamente

Veja um exemplo de Script de Backup
Veja como configurar o envio de e-mail